Secara pasti asal usul nama Hargantoro tidak diketahui, konon pada jaman Kerajaan Mataram ada seorang Kyai bernama P.Nuswantoro dan istrinya bernama Nyai Kerto Kenongo, beliau datang dan mesanggrah di sebuah bukit yang sekarang terkenal dengan nama Gunung Kambengan yang terletak di dusun Sanggrahan saat ini.

Setelah mesanggrah di tempat tersebut beliau mendirikan pesanggrahan dan memberi nama pesanggrahan tersebut dengan nama Hargo Antoro yang artinya di antara gunung-gunung dan bukit-bukit.

P.Nuswantoro dan istrinya menempati pesanggrahan tersebut sampai beliau berdua wafat dan dimakamkan di tempat tersebut.Sampai sekarang makam (petilasanya) di gunung Kambengan masih ada dan dijadikan tempat sadranan oleh masyarakat dusun Gunungan khususnya kecuali hari jumat wage dan bulan suro/muharram.Sedang nama Hargantoro dan Sanggrahan dipakai menjadi nama Desa Hargantoro dan dusun Sanggrahan sampai sekarang.

Dari cerita mulut ke mulut yang memegang pemerintahan Desa Hargantoro pertama kali tidak diketahui. Setelah itu dilanjutkan Kepala Desa yang kedua Martorejoko sampai tahun 1946. Kepala Desa yang ketiga adalah Ahmad Rajiyo (1946-1975). Berikutnya adalah kepemimpinan Samino yang menjabat tahun 1975-1989. Kepala Desa yang kelima adalah Muhtarom dari tahun 1989 – 1998.Setelah habis masa jabatan Muhtarom terjadi kevakuman kepemimpinan Desa Hargantoro dan di Pj Oleh Sekretaris Desa Hargantoro Muslim sampai tahun 2002. Yang keenam adalah Paino yang menjabat tahun 2002-2012 dilanjutkan Kepala Desa Sutiyanto yang menjabat dari tahun 2012  sampai 2018 awal, sebelum diadakan pemilihan Kepala Desa, jabatan di emban oleh Penjabat sementara Ibu Sumiyati Kasi tapem Kecamatan Tirtomoyo sd akhir 2018. di akhir 2018 sampai sekarang Kepala Desa Warto hasil dari Pilkades pada Tahun 2018.

Pada umumnya masyarakat Desa Hargantoro mengandalkan kehidupannya dari sector pertanian. Namun kepemilikan lahan yang sempit menjadikan kehidupan ekonomi dari sector pertanian tidak bisa menopang kesejahteraan ekonomi mereka. Hal ini juga disebabkan dari sifat paternalistik di bidang pertanian yang dalam hal ini mereka belum mau menerima inovasi-inovasi pertanian. Faktor lain yang mempengaruhi hasil pertanian kurang memuaskan adalah ketersediaan air irigasi yang sangat kurang dan juga sarana pertanian yang kurang memadai.